S. Alferio aveva fondato l' Abbazia benedettina nel 1011 dopo una formazione presso il monastero di Cluny , apprendendo il modello organizzativo dei monaci francesi noti per il loro attivismo e per la capacità di governare più abbazie e possedere monasteri già di proprietà di vescovi e potenti famiglie feudali.

I Longobardi e i Normanni tennero in gran considerazione la Badia , concedendo agli abati cavesi molti monasteri , dalla Calabria ionica al Tirreno. Nel monastero, già dai primi anni , si ebbe un fiorente laboratorio di scrittori che si arricchì nel periodo dall' VIII al XV secolo. Il primo manoscritto, risalente al 1050, il Codice n. 3 di S.Beda De Temporibus - Annales Cavenses - Florilegium, tratta di teologia, matematica, storia, scienze, geografia, grammatica ed è impreziosito da iniziali in rosso e in nero con rilievi d'oro.
Particolare è la divisione delle quattro stagioni e dei quattro elementi .

Nell'abbazia  viene conservato anche il Codex legum Longobardorum - Capitularia Regum Francorum datato 1005,eseguito in scrittura beneventana e donato all'Abbazia nel 1263 da Eustasio, arciprete di Casalrotto.Il manoscritto è prezioso sia per la sua datazione che per le sue miniature ma anche perchè riporta leggi di sovrani longobardi e francesi nonché figure e costumi del periodo di Rotari e contiene un glossario longobardo-latino, una lettera dell’imperatore di Costantinopoli Carlo Magno e una cronistoria del regno longobardo.

Nell'Abbazia viene anche conservato il Beda ( sec. XI) , che tratta di storia, anatomia ,teologia , geografia e grammatica e dissertazioni su Plinio, S.Ambrogio , S. Agostino e Beda, comunemente conosciuto come Beda il Venerabile (c. 672 – 25 maggio 735) vissuto nel monastero benedettino di San Pietro e San Paolo a Wearmouth in Inghilterra e che scrisse su molti altri argomenti, dalla musica alla poesia, ai commentari biblici. Beda tra l’altro fu dichiarato santo e dottore della Chiesa.
Tra i documenti conservati nell’Abbazia ricordiamo anche:

• gli Antifonari del XVI sec. Con le antifone, versetti che si recitano prima dei salmi, basati su canti polifonici ( quasi sempre  a due voci) e su testi sacri latini.
• I Salteri, organizzazione di salmi biblici da recitare ogni giorno, settimana o mese. Oggi è la cosiddetta Liturgia delle ore (lodi, vespri) e del Breviario Romano. I salteri sono del ‘500 e del ‘600 e sono stati scritti sia nell’Abbazia o sono provenienti da donazioni ( i cosiddetti Salteri Senesi)
• I Graduali, canti liturgici polifonici del ‘500
• Il Legionario ( sec. XII) con i sermoni di S. Agostino, S. Ambrogio, S.Ilario, S. Gregorio, S.Lupo

nonché numerosi volumi manoscritti che contengono musica sacra o preghiere su pergamene con miniature in oro zecchino.